L'Institut Pasteur de la Guyane compte deux laboratoires de services référents :
Ce laboratoire est le référent pour certaines analyses spécialisées parmi lesquelles le diagnostic de la tuberculose et l’analyse génotypique des résistances du VIH-1 aux antirétroviraux. Il reçoit des prélèvements des centres hospitaliers du département, des centres de PMI et d’autres laboratoires.
Ce laboratoire est référent dans le domaine de l’analyse de l’eau notamment. Il est agréé par l’Agence Spatiale Européenne, la NASA et l’Agence Spatiale Russe pour détecter une éventuelle contamination microbienne des satellites avant lancement et pour surveiller la qualité de l’eau destinée à la station spatiale européenne.