L’Institut Pasteur de la Guyane abrite plusieurs centres nationaux de référence sur les maladies infectieuses et la résistance aux agents antimicrobiens.
Nommés par les autorités de la Santé pour des mandats donnés, les centres nationaux de référence ont pour mission de contribuer à la surveillance épidémiologique et d’apporter expertise et conseil aux autorités de santé pour la région Antilles-Guyane.
Ces laboratoires de référence sont reconnus dans les pays voisins ainsi que dans la Caraïbe pour leurs compétences en matière de diagnostic :